Началото на музейното дело в гр. Септември води началото си от 80-те години на ХХ век, когато е създадена общоисторическа музейна сбирка и е назначен уредник, който да събира материали и да работи в посока създаване на музейна изложба. Музейната сбирка е открита официално през 1987 г., а в изложбата били представени основно предмети от етнографски характер, както и такива, свързани с железопътната дейност и Септемврийското въстание.
През същата, 1987 г., в землището на тогавашното село Ветрен, община Септември, в местността Аджийска воденица, е открит непознат за науката значим археологически обект. Установено е и неговото име – Пистирос, както и неговият тип – емпорион (търговски център), основан от гръцки заселници от Егейското крайбрежие. Значението на това научно откритие има не само национални, но и европейски измерения, тъй като това е единственият проучван по археологически път емпорион в Европа, разположен дълбоко в континента и изиграл огромна роля в икономическия живот и културните контакти на населението на Балканския полуостров през V – ІІ век пр. Хр.
През 1988 г. започват редовни археологически разкопки в Пистирос, с ръководител полския археолог Мечислав Домарадски. Проучванията са изключително „плодоносни“ и всички находки, издирени по време на разкопките, започват да се събират и съхраняват в съществуващата вече сбирка. През 1992 г. е представена първата археологическа изложба. Обогатяването на музейната сбирка с предмети с висока научна стойност, някои от които уникални за България и Европа, съвсем обосновано довежда до промяна на статута ѝ. През 1995 г. музейната сбирка е преобразувана в специализиран Археологически музей, който и до момента е единственият такъв на територията на област Пазарджик.
През 1992 г. в проучванията на Пистирос се включват археолози от университета в Ливърпул, Великобритания, с научен ръководител – д-р Зофия Арчибалд, а през 1993 г. и от Карловия университет в Прага, Чехия, под ръководството на проф. Ян Боузек.
През март 1988 г. започват и обхождания в м. „Аджийска воденица” под ръководството на Мечислав Домарадски от Националния археологически институт с музей при Българска академия на науките, които с известни прекъсвания продължават системно до 2007 г. През годините към българската експедиция се присъединяват френски учени, под ръководството на В. Ханковски (Френска археологическа школа в Атина). Извършени са обходи и наблюдения на цялата територия около местността, както и в землищата на околните села и градове – Ветрен, Мененкьово, Аканджиево, Белово и Септември. Локализирани са разнообразни по тип и структура обекти от I хил. пр. Хр.
През 1998 г. в гр. Септември е организиран и проведен международен симпозиум „Пистирос и Тасос. Търговски структури на Балканския полуостров през V-II в. пр. Хр.“, по време на който е открита първата постоянна археологическа експозиция.
През 2005 г. се налага музеят да бъде преместен в нова сграда, а във връзка с десетгодишнината от създаването си, съвпаднало с преместването и официалното откриване на новата музейна сграда, музеят е именуван в чест на откривателя и първия ръководител на проучванията в Пистирос до смъртта си през 1998 г. – проф. Мечислав Домарадски. Полският учен е обявен и за почетен гражданин на Община Септември.
През м. юни, 2014 г. е открита новата постоянна експозиция „Емпорион Пистирос”, с финансовата подкрепа на Фондация „Америка за България”, в която са представени едни от най-интересните и ценни експонати, открити по времена редовните археологически разкопки на обект емпорион Пистирос. Експозицията е организирана на тематичен принцип и представя различни аспекти от живота на древните си обитатели.
Археологически музей „Проф. Мечислав Домарадски” вече пета поредна година работи в тясно сътрудничество с Фондация „Балканско наследство”, която финансира археологическите проучвания в обектите Пистирос и римската пътна станция Бона Манзио. По линия на Фондация „Балканско наследство” множество чуждестранни студенти и доброволци имат неповторимата възможност да се докоснат до част от колекциите на музея, както и да вземат участие в различни дейности – лятно полево училище, реставрация, фотодокументация и др.
През годините музеят е гостувал с част от своите колекции в редица музеи в страната, а така също и в чужбина:
1990 г.- „Бесите – История и култура“- РИМ – Пазарджик;
1990 г.- „Бесите – История и култура“- РИМ – Смолян;
1994 г. –„Цар Котис I. Тракийската държава. Емпорион Пистирос“ - НИМ – София;
1994 г. - „Цар Котис I. Тракийската държава. Емпорион Пистирос“ - РАМ - Пловдив;
1999 г. – „In memoriam. Живот и творчество на М. Домарадски“ – Исторически музей „Искра“ – Казанлък;
2001г. – „Емпорион Пистирос. 10 години българо-чешко сътрудничество“ - Чешки център в София;
2001г. – „Емпорион Пистирос. 10 години българо-чешко сътрудничество“- Народен музей – Прага, Чехия;
2002 г. – „15 години проучвания на Емпорион Пистирос“- АМ – Варна;
2011 г. – РЕМ гр. Пловдив, във връзка с изложба, посветена на виното;
2011 г. – „Търговия и занаяти в Пистирос” изложбен салон към Народно читалище, гр. Ветрен;
2012 г. – „Виното. Изложба за тайните на виното” – НЕМ при БАН;
2012 г. – V Национална изложба „Българска археология 2011” – НАИМ при БАН;
2014 г. – VII Национална изложба „Българска археология 2013“ - НАИМ при БАН;
2014 г. - „Емпорион Пистирос в Тракия“ - Исторически музей - гр. Велинград;
2015 г. - „Емпорион Пистирос в Тракия“ - Исторически музей „Искра“ - гр. Казанлък;
2015 г. - „Емпорион Пистирос в Тракия“ - Археологически музей - гр. Хисаря;
2017 г. - Емпорион Пистирос в Тракия“ – Исторически музей – гр. Панагюрище.
Археологически музей „Проф. М. Домарадски” бе и един от 17-те български музеи, участвали със свои експонати в изложбата „Епопея на тракийските царе. Археологически открития в България”, в Лувъра, Франция през 2015 г. Надписът от Ветрен бе един от акцентите в изложбата, а заедно с него гостуваха още 30 експоната – монети на тракийски владетели, част от колективната монетна находка, предмети, свързани с торевтиката и ювелирството, както и с етническия състав на емпоритите.